Depois, em 2012, com 28 anos, filiou-se no PAN, tendo integrado a comissão política nacional (em 2013) e coordenado a comunicação do partido (em 2014). Entre 2015 e 2019 foi assessor parlamentar, acompanhando, particularmente, a Comissão de Ambiente, Ordenamento do Território, Descentralização, Poder Local e Habitação. Em 2019 foi eleito eurodeputado integrado no Grupo dos Verdes/Aliança Livre Europeia e assegura a vice-presidência da Comissão da Agricultura e do Desenvolvimento Rural no Parlamento Europeu. Participa, ainda, nas comissões dos Orçamentos e das Pescas.
O reatamento das relações familiares perdidas fá-lo, agora, regressar à região mais vezes, nomeadamente a Santo André, à aldeia de Deixa-o-Resto, local de residência do irmão, onde aproveita para fazer “ações de limpeza” na lagoa, “pois os resíduos presentes nas dunas são inúmeros e as limpezas escassas”. A campanha eleitoral para o Parlamento Europeu também lhe deu “a oportunidade de conhecer melhor o distrito de Beja”, um território que considera “pouco dinamizado e pouco acarinhado”.
“Tenho apoiado ativamente vários movimentos locais, nomeadamente o Beja Merece+ e as suas justas reivindicações”, tal como “o uso comercial do aeroporto de Beja ou o investimento em infraestruturas rodoviárias e ferroviárias”, diz Francisco Guerreiro.
A agricultura superintensiva é outra das suas preocupações, defendendo o modelo de agricultura “extensiva em modo biológico” e a “proteção dos solos e recursos hídricos”. Conta para isso com Alqueva, que deveria ser “aproveitado para [as referidas] explorações extensivas”.
“Com o crescente impacto das alterações climáticas, sobretudo no interior do País, e sem esquecer a devastação crescente da biodiversidade, devemos conceber que os recursos hídricos serão cada vez mais escassos e preciosos pelo que o seu uso deverá ser estratégico e integrado numa visão de longo prazo para regenerar os solos, os ecossistemas e o mundo rural”, defende.