Quanto ao ambiente, José Paulo Martins diz que o uso de "grandes quantidades" de agroquímicos (pesticidas e fertilizantes), "por vezes de forma desregrada", tem impactes na qualidade de águas superficiais e subterrâneas e na biodiversidade e, em alguns processos de plantação de culturas, como olival e amendoal, há "destruição" de linhas de água e património arqueológico. E algumas culturas, pela forma como são plantadas, pelo "uso abusivo" de pesticidas ou pela falta de vegetação espontânea, "desnudando o solo", favorecem a erosão de solos, frisa.
Da parte dos produtores, Rui Garrido admite que, "com certeza", os agricultores aplicam "mais agroquímicos", porque estão a querer produzir mais, mas o modo de produção integrada tenta "minimizar muitos destes impactes”. Este modo de produção, indica, é seguido pela "esmagadora maioria" dos agricultores no Alqueva e "obriga" ao uso eficiente de água e agroquímicos "menos nocivos para o ambiente" e de acordo com análise dos solos e necessidades das culturas.
"A maior parte" dos alertas e receios sobre impactes negativos da agricultura intensiva "não tem fundamento" e "há uma desinformação muito grande", que tem "prejudicado bastante" os agricultores, argumenta Rui Garrido. No entanto, continua, "o saldo" entre impactes positivos e negativos "é francamente positivo", pois o Alentejo sem agricultura "não conseguiria ter o desenvolvimento que tem", nem daria o contributo que dá para a produção agrícola.
Pedro Lopes diz que os impactos negativos atribuídos à olivicultura estão "por comprovar", os alertas e receios são "infundados" e os olivicultores querem "desmontar a desinformação" e demonstrar que o olival, que "consome menos água" e utiliza "muito menos" agroquímicos em relação a outras culturas intensivas, é "amigo do ambiente".